Odběr  vzorku a zpracování 
      Respirační  cytomorfologie závisí výrazně na typu vzorku a zpracování. Odběr buněk a  zpracování jsou pro cytologickou interpretaci zásadní. 
      Při diagnóze plicních uzlů jsou  prvním přístupem pro centrální léze bronchoskopické metody; pokud jsou  negativní, následuje tenkojehlová aspirační cytologie (FNA) . Aspirační cytologie  je zejména užitečná v diagnostice periferních lézí. .
      Sputum
      Bronchiální materiál 
      Transbronchiální tenkojehlová aspirace
      Transthorakální tenkojehlová aspirace
      
      Cytologie z tekutého média  - Liquid based cytology (LBC), která byla rozsáhle zavedena v cervikálním screeningovém  programu, je užívána v respirační cytologii pouze omezeně vzhledem k nákladům a  absenci standardizovaných postupů v hlenem bohatých vzorcích.