Bronchiální materiál 
      Významné zlepšení v odběru  buněk z dolních cest dýchacích nastalo s objevem flexibilního bronchoskopu  koncem 60. let. Komplikace bronchoskopie, které zahrnují laryngospasmus,  bronchospasmus, poruchy srdeční vodivosti a sepsi, jsou velmi vzácné. Bronchoskopické  metody jsou zejména vhodné pro diagnostiku centrálních lézá, z nichž lze přímo  odebrat biopsii a kartáčkový stěr na cytologii. 
      Bronchiální aspirace a výplachy
       Bronchiální sekrety mohou být aspirovány přímo z  dolních cest bronchoskopem. Běžnější však je instilace 3-10 ml fyziologického  roztoku a odsátí této tekutuiny, která je následně centrifugována. Koncentrovaný  buněčný materiál je použit pro nátěry, preparáty v tenké vrtvě a cytobloky  (užitečné zejména, pokud vznikne potřeba speciálních barvení).
      
      Bronchiální kartáčkové stěry
       Bronchoskopie vláknitou  optikou dovoluje přímou vizualizaci a odběr vzorků z tracheobronchiálního  stromu. Stěr kartáčkem je natřen na sklo.
      
      Bronchioloalveolární laváž (BAL)
      V BAL je bronchoskop zaklíněn do nevzdálenější dostupné  lokalizace a dýchací cesty jsou vypláchnuty několika alikvoty sterilního  fyziologického roztoku. První je representativnější pro větší dýchací cesty,  další reprezentují alveolární kompartment.      
      BAL je velmi užitečná pro  diagnózu oportunních infekcí u imunokompromitovaných pacientů, ale i pro  diagnózu malignity (užitečná zejména u periferně lokalizovaných) a také pro  vyšetření intersticiálních plicních nemocí, granulomatózních jako např. sarkoidóza,  pneumonia z hypersensitivity, lékově navozené toxické poškození plic, asbestóza,  plicní hemoragie.
      Kapilární zaklínění
       Plicní kapilární krevní vzorky získané ze  zaklíněného katetru jsou užitečné v diagnostice poruch plicní mikrovaskulatury  (např. karcinomatózní lymfangiopatie a embolizace plodové vodu nebo tuku). Krev  je odebírána do heparinizované trubičky k zamezení srážení a buňky se  koncentrují s použitím Ficollova gradientu. Megakaryocyty, normálně přítomné v  plicních kapilárách potvrzují místo odběru a adekvátnost vzorku.