Metody pobierania materiału

Wymaz szczoteczkowy jest bardziej przydatny do zmian zlokalizowanych w jamie ustnej ( zmiany pęcherzykowe, owrzodzenia).
Biopsja aspiracyjna cienkoigłowa jest użyteczną metodą w przypadku zmian powierzchownych, które muszą być zlokalizowane i ufiksowane za pomocą palców nakłuwającego. Zmiany powierzchowne, podskórne lub podśluzowe nie wymagają nakłuwania pod kontrolą USG; większość głowic ultrasonograficznych jest zbyt duża dla tych zmian.
 Nakłucie pod kontrolą USG pozwala uniknąć powikłań (krwawienie, krwiak); jest ono absolutnie konieczne w przypadku zmian głęboko położonych (guzy nosogardła, głębokie płaty ślinianek), dużych zmian torbielowatych, lub małych zmian umiejscowionych w sąsiedztwie dużych naczyń.

Tomografia komputerowa służy raczej do zlokalizowania zmiany, a nakłucie wykonuje się zazwyczaj pod kontrolą USG.

Metody barwienia

Można stosować metodę Giemzy (do barwienia rozmazów wysuszonych), metodę Papanicolaou lub H&E. Barwienie metodą Papanicolaou i H&E jest przydatne szczególnie dla zmian płaskonabłonkowych. W barwieniu metodą Giemzy można wykazać metachromazję: macierz pozakomórkowa, cytoplazma komórek mioepitelialnych i komórek tkanki łącznej barwi się na kolor purpurowy. Komórki te jak i komponenty pozakomórkowe odgrywają bardzo dużą rolę w diagnostyce zmian głowy i szyi, szczególnie ślinianek.

Jeżeli zachodzi potrzeba, można także wykonać badania immunocytochemiczne.