Οι φλεγμονώδεις αλλοιώσεις που περιγράφτηκαν παραπάνω είναι παρούσες σχεδόν σε όλες τις περιπτώσεις οξείας τραχηλίτιδας. Σε μερικές περιπτώσεις ο μικροβιακός παράγοντας μπορεί να αναγνωριστεί στο επίχρισμα ή μπορεί να παράγει ένα ξεχωριστό κυτταροπαθολογικό φαινόμενο που επιτρέπει την διάγνωση της ειδικής λοίμωξης.
Ακολουθεί μία λίστα των ειδικών λοιμώξεων που μπορούν να αναγνωριστούν με την βοήθεια της κυτταρολογίας:
Τριχομονάδα του κόλπου
Candida
Έρπης των γεννητικών οργάνων
Ιός του ανθρώπινου θηλώματος
Ακτινομύκητας
Χλαμύδια
Παρασιτικές λοιμώξεις από σχιστόσωμα το αιματόβιο, σχιστόσωμα mansoni και Fliaria bancrofti, μπορούν να ανιχνευτούν στο κολποτραχηλικό επίχρισμα. Κοκκιωματώδεις αλλοιώσεις που δημιουργούν υπόνοια φυματίωσης και έγκλειστα κυτταρομεγαλοϊού έχουν επίσης περιγραφεί.