Pneumocystis carinii obecnie poprawnie nazywane P.jiroveci można zaobserwować w barwieniu metodą Papanicolaou w białkowym materiale widocznym jako gąbczaste zielonkawe odlewy pęcherzyków. Cysty barwią się srebrzeniem i podobne są do kubeczków o rozmiarach 5-7 um, często z ciemniejszym punktem w środku. W barwieniu metodą Giemsy trofozoidy widoczne są jako niebieskie punkty. Pneumocystis mogą też być obecne w makrofagach. Można je wykazać metodą bezpośredniej immunofluerescencji w indukowanej plwocinie.