Anatomia i histologia
Drogi oddechowe można podzielić na górne (od okolicy nosa i zatok do krtani) i dolne. Dolne drogi oddechowe (od tchawicy do płuc) stanowią główny cel cytologii układu oddechowego. W preparatach z dolnych dróg można niekiedy znaleźć komórki z górnych dróg oddechowych.
Tchawica i oskrzela wyścielone są komórkami migawkowymi. Maja one umiejscowione przy podstawie jądro z drobnoziarnistą chromatyną oraz rąbek oskórkowy z rzęskami na powierzchni zwróconej do światła. Co sześć komórek migawkowych widzimy jedną komórkę kubkową z cytoplazmą rozepchniętą przez śluz i jądrem zepchniętym na obwód. W pobliżu błony podstawnej znajdują się komórki podstawne zwane też rezerwowymi. Są to małe niezróżnicowane komórki, które są prekursorami komórek migawkowych i kubkowych. Są tam jeszcze argyrofgilne komórki neuroendokrynne (Kulczyckiego) ale nie można ich zidentyfikować w rutynowych barwieniach. W ultrastrukturze posiadają w cytoplazmie gęste elektronowo ziarnistości neuroendokrynne.
Oskrzeliki są wyścielone przez nieurzęsione komórki Clara, kształtu kostkowego lub walcowatego których zwykle nie widzimy w preparatach cytologicznych. Pneumocyty typu I są cienkimi spłaszczonymi komórkami wyścielającymi powierzchnie pęcherzyków, na których dokonuje się wymiana gazowa. Pneumocyty typu II, są to komórki grubsze kształtu kostkowego, które znajdują się również na powierzchni pęcherzyków płucnych gdzie wydzielają surfaktant do światła pęcherzyków. W ultrastrukturze jest on widoczny jako tzw. ciałka lamelarne. W rozmazach cytologicznych pneumocyty typu II trudno odróżnić od makrofagów ponieważ jak i one mają zwakuolizowaną cytoplazmę.
Makrofagi płucne mają okrągłe lub owalne jądra i wodniczki w cytoplazmie a często też sfagocytowany materiał jak np. cząsteczki węgla. Obecność makrofagów płucnych świadczy, że plwocina nadaje się do badania cytologicznego.
W warunkach prawidłowych w pęcherzykach mogą się znajdować pojedyncze neutrofile i limfocyty. W zrost ich liczby znamionuje zapalenie.