Cechy cytologiczne często spotykanych zmian zapalnych takich jak np. zapalenie płuc w stadium organizacji, zarostowe zapalenie oskrzelików są podobne. Widoczne są makrofagi, neutrofile, eozyno file i limfocyty. Pneumocyty ze zmianami reaktywnymi szczególnie często występują w zapaleniach płuc w stadium organizacji i w rozlanym uszkodzeniu pęcherzyków.
Sarkoidoza najczęściej występuje w płucach. Przyczyna tej choroby nie jest znana. Histologicznie charakteryzuje się obecnością ziarniniaków nabłonkowato komórkowych bez martwicy.
Widoczne są komórki nabłonkowate, niekiedy z ciałkami Schaumanna i ciałkami asteroidnymi oraz komórki olbrzymie wielojądrowe i limfocyty.
Ziarniniak Wegenera jest nekrotyzującym ziarniniakowym zapaleniem naczyń, które występuje jako zmiana guzowata tylko w płucu lub w płucu i w innych narządach. Wśród charakterystycznego ziarnistego tła (martwiczo zmieniony kolagen) widoczne są neutrofile, komórki olbrzymie i komórki nabłonkowate.
Pulmonary infarct
 |
 |
FNA negative - infarct |