Infekcje bakteryjne
Infekcje bakteryjne występują jako zapalenia lub ropnie płuc. Wysięk z neutrofilów charakteryzuje ostre zapalenie płuc lub ropień. Nie wszystkie bakterie są widoczne w barwieniu rutynowym lub w metodzie Grama.
Legionella pneumophila można zidentyfikować w BAL metodą immunofluorescencyjną ze specyficznymi przeciwciałami.
Wynikiem infekcji przez Mycobacterium tuberculosis jest zapalenie ziarniniakowi dlatego w rozmazach cytologicznych mogą się znajdować grupy komórek nabłonkowatych, limfocyty i komórki olbrzymie wielojądrowe typu Langhansa. Martwica może ale nie musi być widoczna. U osób z immunosupresją ziarnina może być skąpa natomiast obecne są bardzo liczne prątki. Można je wykazać metodą Ziehl-Neelsena). Ziarniniaki mogą występować w innych zmianach takich jak sarkoidoza i infekcje grzybicze.