Chlamydia trachomatis jest pasożytem wewnątrz komórkowym, związanym z tworzeniem ziarnistych wewnątrz cytoplazmatycznych wtrętów. Jest powszechną przyczyną niespecyficznego zapalenia cewki moczowej i szyjki macicy oraz w 20% przypadków odpowiedzialnym za zapalną chorobę miednicy i niepłodność. Wtręty cytoplazmatyczne można niekiedy znalezć w niedojrzałych komórkach metaplastycznych. Jednak rozpoznanie cytologiczne nie jest pewne i wymaga potwierdzenia badaniem immunofluorescencyjnym. Może być obecne zapalenie typu cervicitis follicularis.