V barvení dle Papanicolaoua jsou shluky mikroorganismů smíšené s bílkovinným materiálem patrny jako zelené pěnité hmoty v alveolech. Cysty jsou pozitivní v imregnaci; pohárkového tvaru, 5-7 µm v průměru, často s densním centrem. V Giemsově barvení jsou patrna intracystická tělíska neboli trophozoity jako modré tečky. Mikroorganismsy mohou být i ve vakuolizovaných makrofázích. Přímá imunofluorecence z indukovaného sputa může být velmi přínosná.