V plicích se vyskytuje řada mykotických infekcí: kryptokokóza, histoplazmóza, kokcidioidomykóza, aspergilóza, kandidóza.
Bronchopulmonární aspergilóza je characterizována expektorací hlenových zátek s mykotickými mikroorganizmy (septovanými hyfami nebo konidiálními hlavicemi v dutinách), četnými eozinofily a Charcotovými-Leydenovými krystaly.
Kandidová pneumonie je častá oportunní infekce. Mikroorganismy tvoří pučící kvasinky formující pseudohyfy.
Actinomycety, které lze rozpoznat podle paprsčitého vláknění, se objevují v BAL vzorcích jako orální kontaminace.