Bakteriální infekce
Bakteriální infekce jsou zastoupeny pneumoniemi a abscesy. Akutní pneumonie a plicní abscesy jsou charakterizovány neutrofilně granulocytární celulizací. Mnohé bakterie, nikoli však všechny, jsou viditelné v rutinních barvení a bervení dle Grama.
Legionella pneumophila může být prokázána v BAL imunofluorescencí.
Infekce mikrobem Mycobacterium tuberculosis vyvoláva granulomatózní zánět a cytologické vzorky mohou obsahovat trsy epiteloidních histiocytů, lymfocytů a Langhansových obrovských vícejaderných buněk. Nekróza může, ale nemusí být přítomna. U imunokompromitovaných pacientů může být granulomatózní reakce velmi slabá s množstvím acidorezistentních tyček (prokazovaných Ziehl-Neelsenovým barvením). Granulomy mohou být přítomny u jiných onemocnění, např. sarkoidózy a mykotických infekcí.