Bakteriální infekce 
      Bakteriální infekce jsou zastoupeny pneumoniemi a abscesy. Akutní  pneumonie a plicní abscesy jsou charakterizovány neutrofilně granulocytární  celulizací. Mnohé bakterie, nikoli však všechny, jsou viditelné v rutinních  barvení a bervení dle Grama. 
        Legionella  pneumophila může být prokázána v BAL imunofluorescencí. 
Infekce mikrobem Mycobacterium  tuberculosis vyvoláva granulomatózní zánět a cytologické vzorky mohou obsahovat  trsy epiteloidních histiocytů, lymfocytů a Langhansových obrovských  vícejaderných buněk. Nekróza může, ale nemusí být přítomna. U imunokompromitovaných  pacientů může být granulomatózní reakce velmi slabá s množstvím  acidorezistentních tyček (prokazovaných Ziehl-Neelsenovým barvením). Granulomy  mohou být přítomny u jiných onemocnění, např. sarkoidózy a mykotických infekcí.