Con las coloraciones de Papanicolau, se observan masas de microorganismos embebidos en un material proteinaceo de color verde y en moldes alveolares espumosos. Los quistes se tiñen con coloraciones de plata; son estructuras en forma de copa, de 5-7µm de diámetro, con una zona central oscura. Con la coloración de Giemsa se tiñen los cuerpos intraquisticos o trofozoitos como puntos azules. Los organismos también pueden observarse en los macrófagos vacuolados. La inmunofluorescencia directa realizada en el material de esputo inducido es de gran ayuda.