Algunas infecciones pueden comprometer el pulmón como la Criptococosis, Histoplasmosis, Coccidioidomicosis, Aspergilosis y Candidiasis.
La aspergilosis broncopulmonar se caracteriza por la expectoración de tapones de moco que contienen abundantes estructuras micóticas (aparecen como hifas septadas o cuerpos frutiformes en cavidades), se observan abundantes eosinofilos y cristales de Charcot-Leyden.
La neumonía por Cándida es una infección oportunista común. Los hongos aparecen como esporas en gemación formado pseudohifas.
El Actinomyces, que se caracteriza por sus filamentos radiados, también puede aparecer en el BAL debido a contaminación oral.