Πνευμονοκύστη carinii

Η πνευμονία από πνευμονοκύστη carinii είναι συχνή σε ανοσοκατεσταλμένους ασθενείς, με αμφοτερόπλευρες συνήθως πνευμονικές διηθήσεις στην ακτινογραφία.
Οι οργανισμοί μπορούν να φανούν σε υλικό BAL, στο βρογχικό έκπλυμα και τα προκληθέντα πτύελα

Με την χρώση Παπανικολάου, μάζες μικροοργανισμών που μπερδεύονται σε ένα πρωτεϊνούχο υλικό μπορούν να παρατηρηθούν ως πράσινα, αφρώδη κυψελιδικά  απορρίμματα. Οι κύστεις βάφονται με χρώση methenamine silver, έχουν κυπελοειδές σχήμα, 5-7 µm διάμετρο, συχνά με μια σκοτεινή κεντρική ζώνη. Η χρώση Giemsa χρωματίζει τους ενδοκυστικούς οργανισμούς ή τροφοζωίδια ως μπλε κηλίδες. Οι οργανισμοί μπορούν επίσης να είναι παρόντες μέσα σε μακρόφαγα. Ο άμεσος ανοσοφθορισμός, που εκτελείται στο προκληθέν πτύελο, είναι πολύ χρήσιμος