Αρκετές μυκητιασικές λοιμώξεις μπορούν να προσβάλλουν τον πνεύμονα όπως από κρυπτόκοκκο, ιστόπλασμα, ασπέργιλλο, κάντιντα και κοκκιδιοειδομύκωση.
Η βρογχοπνευμονική ασπεργίλλωση χαρακτηρίζεται από την απόχρεμψη εμβόλων βλέννης, που περιέχουν τους μύκητες, πολυάριθμα εωσινόφιλα κύτταρα και κρυστάλλους Charcot-Leyden.
Η πνευμονία από Candida είναι μία συχνή ευκαιριακή λοίμωξη. Οι οργανισμοί έχουν την εμφάνιση μύκητα που αναπαράγεται δια εκβλαστήσεως σχηματίζοντας ψευδοϋφές.
Οι ακτινομύκητες που αναγνωρίζονται από τα ακτινοειδή ινίδια, μπορούν επίσης να εμφανιστούν σε δείγματα BAL εξαιτίας επιμόλυνσης από το στόμα.